В органогенных осадках (сапропелях) всех исследованных озер установлен восстановительный тип диагенеза, в ходе которого происходит деструкция органического вещества, трансформация химического состава поровых вод и образование аутигенных минералов, прежде всего пирита. По данным пиролиза установлено, что уже в самых верхних интервалах сапропелей органическое вещество подвержено глубоким процессам трансформации и существенно отличается по составу от такового биопродуцентов. В составе сапропелей обнаружен кероген, образование макромолекулярной структуры которого начинается на самых ранних стадиях диагенеза в слое неконсодидированного осадка (0-5 см). Основная роль в диагенетических преобразованиях органического вещества осадка принадлежит разным физиологическим группам микроорганизмов, прежде всего гетератрофным, амонифицирующим и сульфатредуцирующим бактериям. Установлено уменьшение в поровых водах осадка по глубине разреза концентраций SO42-, Fe2+ в результате бактериальной сульфатредукции и увеличению в твердой фазе осадка восстановленных форм серы и железа (пирит).
